自衛隊法第80条[3]により、有事の際防衛出動や内閣総理大臣の命令による治安出動において特に必要な場合には、内閣総理大臣の命令により防衛大臣の指揮下に組み入れられる可能性がある。これは海上保安庁の設立モデルとなった米沿岸警備隊が戦時には米海軍の指揮下に入り、「軍隊」として運用される規定に倣ったものである。
但し、防衛大臣の指揮下に入った場合でも、その行動範囲や活動権限は特に通常時と変わらない（特に武器の使用については、あくまでも警察官職務執行法に従わなければならない）ことから、あくまでも自衛隊が必要とするところ（自衛隊施設など）への警備を手厚くするよう指示したり、実際の警備行動において自衛隊と海上保安庁の各部隊を一元的に指揮し、両者の連携を円滑にする程度に留まると思われる。また、「文面を見る限り、自衛隊法第80条は、海上保安庁法第25条と矛盾するのでないか?」、との指摘もあるが、防衛大臣の海上保安庁の部隊に対する指揮は、直接行われるのではなく、海上保安庁長官に対して（間接的に）行われるに過ぎない[4]。その為、矛盾しないものと考えられている。
学力向上！漢字王国
白い花の花言葉
北の国・北海道マップ
暮らしの知恵袋
ラファエロのタレントになる学校選び
ハンズの野球のツボ
マーメイドの地図探し
ゆかいな塾の先生
炎神でアニメソングメドレー追跡
懸賞の秘密ちゃんねる
健康一番玉手箱
Carタイムへ急げ
芸能界デビューのチャンス
ひだまりの湘南ビーチ
奥様ご用達ご当地グルメ
仕事探しはここからスタート
初心者の投資問題解決！
姉妹の温泉三昧
フラッシュのオーディション参加
省エネルギーのコツを紹介
生活費の節約法
ドライブ計画サポートスペシャル
1999年に能登半島沖不審船事件が発生し、このとき海上自衛隊に初の海上警備行動が発動された。このときの反省を受け、不審船対策についての海上保安庁と海上自衛隊との「共同対処マニュアル」を策定、情報連絡体制の強化や連携訓練を行っている。また、海上自衛隊が海上保安庁の任務を一時的に肩代りするものであるから、そのときの活動は自衛隊といえども警察官職務執行法・海上保安庁法が準用される。従って、不審船問題の対処として、海上自衛隊との連携のほかに、海上保安庁自身の装備能力が増強され、2001年には海上警備業務における武器使用について海上保安庁法の改定がなされた（第20条第2項）。この改定の直後、九州南西海域工作船事件が発生した。